NvidiaはGPUを使ったゲノム分析ツールキットを新型コロナ研究者に無料で提供

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Nvidia(エヌビディア)は、新型コロナウイルス(COVID-19)のパンデミックと戦って感染拡大を防ごうと努力している研究者に、その研究内容の如何を問わず、同社のParabricksツールを90日間無料で提供する。ニーズによっては、期間の延長もありえる。このツールはGPUを利用したゲノム分析ツールキットで、GPUのパワーを利用してこれまで数日かかっていた処理をわずか数時間で完了する。

Parabricksの遺伝子配列(ゲノムシークエンシング)スイートを動かすためにはNvidiaのGPUへのアクセスが必要だが、このソフトウェア実行環境についても無料になる。これは、新型コロナウィルスや感染した患者を研究している者にとって大いに助かる。このGPUメーカーは、さまざまなクラウドベースのGPUサービスプロバイダーへのリンクも提供するのでハードルはさらに低くなる。

過去数年間で遺伝子配列のスピードはめざましく向上したが、そのためには依然として膨大な量の計算機資源を必要とする。Nvidiaが昨年買収したParabricksの技術は、人間の全ゲノムのシークエンシングを1時間未満で行う。しかもサーバーファームの全体を使うのではなく、サーバーを1つしか使わない。

ウイルスの拡散と、それによる呼吸器疾患を防ぐあらゆる取り組みにとって、スピードが重要だ。特に薬物治療やワクチンの研究開発にとっては信頼性の高い情報の欠如が大きな問題だ。ウイルス本体と、感染時および治癒後の患者の遺伝子構造の特性を理解するためには、なるべく大量のシークエンシングをなるべく短時間でやりたい。それによって一般の治療法や免疫療法の発見と実用化も早くなるはずだ。

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(翻訳:iwatani、a.k.a. hiwa